France 2019 France Grant Winner

ANNUAL THEME

Microbiote intestinal et santé humaine

SUPPORTED PROJECT

Dr Antoine Martin

Centre Hospitalier Universitaire Henri Mondor, APHP, Université Paris Est Créteil (UPEC)

Etude de la composition du microbiote associé à la muqueuse gastrique chez les patients atteints de lymphome gastrique du MALT - Caractérisation d’une dysbiose spécifique chez les patients atteints de lymphome gastrique du MALT Helicobacter pylori négatif

PROJECT DESCRIPTION

Le Lauréat 2019 est le Dr. Antoine Martin, interne d’hépato-gastro-entérologie à l’AP-HP en 5ème semestre au CHU Henri Mondor, APHP, Université Paris Est Créteil (UPEC), pour son projet intitulé « Etude de la composition du microbiote associé à la muqueuse gastrique chez les patients atteints de lymphome gastrique du MALT - Caractérisation d’une dysbiose spécifique chez les patients atteints de lymphome gastrique du MALT Helicobacter pylori négatif »

Son projet est soutenu par le Pr Aurélien Amiot, PU-PH au sein du service de gastroentérologie de l’hôpital Henri Mondor, et qui dirige l’unité de recherches EC2M3 « Early Detection Of Colon Cancer Using Molecular Markers and Microbiota» au sein de la Faculté de médecine de Créteil.

 

Résumé du projet lauréat :
Etude de la composition du microbiote associé à la muqueuse gastrique chez les patients atteints de lymphome gastrique du MALT et caractérisation d’une dysbiose spécifique chez les patients atteints de lymphome gastrique du MALT Helicobacter pylori négatif

L’utilisation des méthodes de séquençage ciblant l’ARNr 16S a permis de revisiter le dogme de la stérilité de l’estomac et de mettre en évidence et caractériser le microbiote gastrique. De même, l’impact de la prise d’inhibiteur de la pompe à protons (IPP) ou de l’infection par Helicobacter pylori (H pylori) sur le microbiote gastrique a été étudié.

Le lymphome gastrique du MALT (LGM) est un lymphome non-hodgkinien extra-ganglionnaire de faible malignité. L’association entre l’infection par H pylori et le développement du LGM est bien établie. L’éradication d’H pylori permet d’obtenir une rémission de la maladie dans 80% des cas. Aucune donnée n’est à ce jour disponible concernant le microbiote gastrique des patients atteints de LGM.

10 à 20% des LGM ne présentent pas d’infection par H. pylori. Ils sont alors traités par des protocoles d’immunochimiothérapie ou de radiothérapie. L’étude du microbiote gastrique des patients atteints de LGM H pylori négatif pourrait permettre de mettre en évidence une dysbiose spécifique favorisant l’émergence du LGM en l’absence d’H pylori et/ou d’identifier des pathogènes candidats à l’origine du LGM.

Le but de ce projet de recherche est donc d’étudier le microbiote associé à la muqueuse gastrique de patients atteints de LGM H pylori négatif en comparaison au microbiote gastrique de patients atteints de LGM H pylori positif et de témoins sains et présentant une infection par H pylori, et identifier un pathogène spécifique au sein du microbiote associé à la muqueuse gastrique des patients atteints de LGM H pylori négatif.

L’ensemble des expérimentations sera réalisé pendant 4 mois au sein de l’unité EC2M3 EA7375 de la faculté de médecine de Créteil sous la direction du Pr. Aurélien Amiot. Le séquençage du microbiote gastrique sera réalisé à l’institut Pasteur, Paris.

Les prélèvements nécessaires proviennent de la banque de tissus gastriques congelés et stockés à la plateforme de ressources biologiques du CHU Henri Mondor, 30 individus atteints de LGM H. pylori positifs, 30 individus atteints de LGM H. pylori négatifs, 30 patients H. pylori positifs et 30 patients sains. La prise d’IPP sera contrôlée dans chaque groupe et strictement contre-indiqué à 6 semaines des prélèvements.

Nous extrairons l’ADN de ces tissus, amplifié par technique de PCR, et séquencerons par ARNr 16s la flore gastrique. Nous analyserons les séquences génomiques bactériennes par comparaison, avec notamment une analyse en sous-groupe chez les patients atteints de LGM avant et après traitement.

Au total, les résultats attendus et impact potentiel de cette étude sont :

Démontrer une dysbiose spécifique associée au LGM avec une ouverture sur les mécanismes de lymphomagénèse gastrique, et identifier une dysbiose ou un pathogène spécifique associé au LGM H pylori négatif pouvant permettre un traitement microbiologique plutôt qu’un protocole d’immunochimiothérapie ou de radiothérapie.