Russia 2018 Russia Grant Winner

ANNUAL THEME

Микробиота и здоровье человека

SUPPORTED PROJECT

Pr. Irina Grigoreva

Pr. Irina Grigoreva "Doctor of Medical Sciences, Research Institute of Therapy and Preventive Medicine"

«Метагеномный анализ изменений микробиома кишечника у больных желчнокаменной болезнью до и после холецистэктомии»

PROJECT DESCRIPTION

Распространенность ЖКБ составляет 5-10% в мире и в РФ, а количество операций по удалению желчного пузыря постоянно растет как в мире так и в РФ – до 700 000 в год. Расходы, связанные с временной и постоянной нетрудоспособностью при этой патологии являются важной социально-экономической проблемой. Вопрос об изменении микрофлоры кишечника после проведения холецистэктомии и влияния на нее изменений холереза и холекинеза, связанных с операцией, остаётся малоизученным. В настоящее время опубликованы всего несколько зарубежных работ по изучению изменения кишечной микробиоты после холецистэктомии, выполненные с помощью современного подхода – секвенирования генов 16SрРНК [DiCiaulaA., 2017; KerenN., 2015]. Поэтому, исследования направленные на изучение данной проблемы, на поиск патогенетических механизмов предотвращения ЖКБ или осложнений, связанных с оперативным лечением, являются чрезвычайно актуальными.

Целью и задачами предлагаемого проекта «Метагеномный анализ изменений микробиома кишечника у больных желчнокаменной болезнью до и после холецистэктомии» являются изучение микробиома кишечника с использованием наиболее современного и информативного метода -метагеномного секвенирования 16SрРНК у больных желчнокаменной болезнью до и после холецистэктомии; оценка изменения уровней биохимических маркеров эндогенной интоксикации и секреции желчи и поиск возможных ассоциаций изменений микробиома кишечника у больных желчнокаменной болезнью с уровнями предлагаемых маркеров.

В рамках клинического исследования планируется дважды обследовать 30 больных ЖКБ, поступивших для планового проведения холецистэктомии в хирургическое отделение Государственной Новосибирской областной клинической больницы. Для достижения поставленных задач будут использованы стандартные методы клинического, инструментального обследования пациентов. Для оценки качества жизни, симптомов заболевания будут применяться валидизированные нами ранее на русскоязычной популяции анкеты с высокими показателями надежности и валидности. В ходе проекта пациенты будут обследованы дважды: в день проведения холецистэктомии и через 3-4 дня после операции. Всем больным будут выполнены биохимические анализы крови (с использованием стандартных коммерческих наборов для ИФА диагностики): АЛТ, АСТ, ЩФ, ГГТП, билирубин и его фракции, уровень желчных кислот, фибронектин. Так же всем больным дважды (до и после операции) будет выполнена копрограмма с макро- и микроскопическим исследованиями (рН, крахмал, жир, жирные кислоты, мышечные и растительные волокна) и проведением химических исследований на билирубин, стеркобилиноген, белок. И дважды будут взяты пробы кала для оценки микробиома кишечника. Оценка состава кишечной микробиоты будет проведена с помощью высокопроизводительного секвенирования V3-V4 регионов гена 16SрРНК. Метод предполагает выделение ДНК из образцов (согласно методике консорциума MetaHit), получение баркодированных ампликонов и их глубокое секвенирование на платформе MiSeq (Illumina) с использованием набора ReagentKit v3 (2х300). Биоинформатическая обработка будет включать перекрывание парных ридов, фильтрацию по качеству и длине, удаление синглетонов и химер, кластеризацию и получение OTU (Операционные Таксономические Единицы). Далее будет проведен таксономический анализ (RDP, sintax), оценено альфа- и бета разнообразие, использован метод главных компонент (PCA), выявлены достоверные отличия по OTU для групп сравнения.

В предлагаемом проекте впервые в РФ будут изучены ассоциации изменений микробиома кишечника у больных ЖКБ с выполнением холецистэктомии и с уровнями маркеров эндогенной интоксикации и секреции желчи. Полученные сведения позволят выявить новые патогенетические звенья течения желчнокаменной болезни до и после удаления желчного пузыря, которые смогут послужить точками для терапевтического воздействия, направленного на профилактику и устранение возможных патологических изменений.